Yürütmenin yargıya müdahale etmesine yol açan yeni Adli Kolluk Yönetmeliği'nin yürütmesi Danıştay 10. Dairesi tarafından durduruldu.
Yönetmelik emniyet ve jandarma görevlilerinin savcıdan alacağı operasyon talimatlarını amirlerine bildirme zorunluluğu getiriyordu. Böylece cumhuriyet savcılarının kararları hükümetin denetimine bağlanmıştı. Yönetmelik ayrıca savcıların da başsavcıya haber vermeden rüşvet, örgüt ve kaçakçılık gibi suçlarla ilgili operasyon başlatmasını önlüyordu.
Savcı Akkaş "engellendim" demişti Asıl olarak da rüşvet ve yolsuzluk operasyonunun ikinci dalgasındaki tutuklamaları önlemek için çıkarılan yönetmelik yüzünden adliye ve emniyet gerginliği yaşanmış, soruşturmayı yürüten Cumhuriyet Savcısı Muammer Akkaş'ın operasyonla ilgili gözaltına alma talimatları emniyet tarafından yerine getirilmemişti. Bunun üzerine Jandarma İstanbul İl Komutanlığı KOM Müdürlüğüne de talimat gönderen savcının talimatı Jandarma tarfından da yerine getirilmemişti. Daha sonra soruşturma dosyası kendisinden alınan Akkaş, yaptığı basın açıklamasında Başsavcı tarafından engellendiğini duyurmuştu.
Operasyonun ikinci dalgasında Başbakan Erdoğan'ın oğlu Bilal Erdoğan'ın da adı geçiyordu. Böylece yalnızca bakanların değil başbakanın da doğrudan yolsuzluk ve rüşvet batağına battığını ortaya çıkarmayı hedefliyordu.
